行天宮才在2001年6月28日傳出董事長黃忠臣疑涉嫌開設空頭公司，非法挪用上億元香油錢的弊案，2001年12月6日住持鄭明清又被檢舉涉嫌侵佔上千萬的善款，並且有十多億廟產流向不明，被專案小組帶回調查。而行天宮也立刻召開記者會，表示是有心人想爭廟產而惡意放話。